La historia de la ciudad de Encarnación se remonta mucho más allá de lo que al propio país se refiere, dado que tiene directa relación con el descubrimiento del Paraguay, los primeros Adelantados y lógicamente la carrera descontrolada de los invasores portugueses y sus conocidos bandeirantes.
Así es que entre 1.524 y 1.526, los expedicionarios en busca de oro, se adentran a través del Río Paraná, aunque nunca los mismos tomaron el cauce del río en la parte que hoy día es Encarnación, sino que siguieron hasta el brazo que se une con el Río Paraguay, y fueron -como se sabe- hasta Asunción.
Cada navegación, a más de la tripulación, también traía un contigente de evangelizadores. Éstos claramente fueron también conquistando -literalmente- el suelo paraguayo, como también a los indígenas. Durante muchos años, e incluso décadas, estuvieron los mismos abocados al trabajo evangelizador, independientemente a la actividad de los españoles que poco a poco también cumplían su labor de conquista, formando las ciudades y pequeñas colonias para extender su territorio.
En ese tiempo transcurrido, ya integración entre los mismos españoles y entre españoles e indígenas, había dado razón a los primeros hombres y mujeres nacidos en el nuevo territorio.
Una de las órdenes que se llegó al Paraguay fue la de los "Jesuitas", ya en 1.588, aunque luego, en forma oficial fue el mismo Hernán Arias de Saavedra (Hernandarias) quien solicitó la presencia de los mismos para evangelizar a los nativos, y civilizarlos, esto último, más bien en el sentido que no fueran considerados los mismos como enemigos de los invasores. Fue así que en 1.604, se creó en Roma la Provincia Jesuítica del Paraguay, para la fundación de pueblos y la conquista espiritual de los indígenas. En cuanto a la fundación de pueblos, es justamente lo que nos interesa, pues fue así que la ciudad de Encarnación fue fundada.
Entonces, uno de estos jesuitas, que a la vez era ya nacido en nuestro país, Roque González de Santa Cruz, comenzó la gran tarea de evangelización.
Roque González nació en Asunción, en 1.576. Fue hijo de entre siete hermanos de Bartolomé González de Villaverde y doña María Santa Cruz.
El 25 de marzo del año 1.615, el citado procedió al acto fundacional de su primera misión sobre el Paraná, a la que denominó "Nuestra Señora de la Encarnación".
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